《原住民族文獻》規劃「專題」、「文獻評介」、「文物掌故」、「新書視窗」、「時事快遞」、「老照片講古」等六大專欄，以電子期刊發行的形式，刊載原住民族各種文獻史料、口述歷史、田野調查、老照片、影音、地圖、手稿、生活器物，以及相關的研究初探、書評及譯述等，並於每年12月彙整該年度電子期刊內容，集結出版紙本。期刊之近程目標，以刊載既有研究成果為主，未來透過持續的累積，期能勾勒一座原住民族文獻的具體架構。