「一年戰爭」中，伊歐•弗雷明與達利爾•羅倫茲在THUNDERBOLT宙域的激戰中倖存下來。兩人的命運留待第二年，0080年的「地球」做一了斷。為了搶回被狂信教團「南洋同盟」奪走的「再利用•Ｐ•裝置」，達利爾潛入水上都市利格，卻因為聽到教主雷凡•胡的聲音而內心大感動搖。另一方面，聯邦軍打算一網打盡南洋同盟偷偷收集的感應薩克駕駛候選人，也派出登陸艦「斯巴達」襲擊利格。大規模的掃蕩作戰就此開始──