經濟部為健全中小企業發展，改善中小企業經營環境，於民國81年度由國庫撥付100億元設立中小企業發展基金，並定位為作業基金。綜觀該基金民國93至102年度營運情形，均連年發生短絀，主要係認列信託投資損失及自設育成中心業務收入不敷支應營運維持費所致。爰審計機關本於監督政府財務效能，規劃辦理經濟部中小企業處辦理信託投資業務及自設育成中心營運情形之審計。審計結果，經審計部依據審計法第69條規定，函請經濟部查明妥適處理，並報告監察院。嗣經審計部賡續追蹤改善結果，截至民國105年底止，4處自設育成中心已營運轉型，民國105年度短絀金額已較103年度減少1,698萬餘元，約30.06％，預估民國106年度可再節省經費2,104萬餘元，另並已處分56家信託投資事業。