「一年戰爭」中，伊歐•弗雷明與達利爾•羅倫茲在THUNDERBOLT宙域的激戰中倖存下來。兩人的命運留待第二年，0080年的「地球」做一了斷。參與了使命便是從狂信教團「南洋同盟」手中取回被奪的「再利用•Ｐ•裝置」的「THUNDERBOLT作戰」，讓伊歐得到了亞特拉斯鋼彈。另一方面，基於對開發者卡拉教授的愛，達利爾也以吉翁殘黨身分率領小隊。為了奪回該裝置，他們潛入握有感應薩克關鍵的傷殘軍人之都•利格──。