為建立我國水下文化資產保存工作基礎，本局自95年起委託中央研究院進行臺灣附近海域水下文化資產普查，第一階段為期三年(96-98)，包含第一年度「澎湖馬公港古沉船調查、發掘及水下文化資產研究、保存科學人才培育計畫」；第二年度「澎湖水域水下文化資產第一期調查」及第三年度「澎湖水域水下文化資產第二期調查」，並針對西嶼南面海域等6個敏感區域進行調查研究，累積出豐碩的成果，希望藉由本書的出版，增進國人對於水下文化資產考古調查工作的瞭解。