校園裡發生詭異殺人事件！找出詭異殺人事件的兇手！以帝國少年諜報部帝都男孩３號的身分，在傳說中的前情報少校•神田手下工作的新人間諜，本故事的主角•柴田英人（通稱：英）和帝都男孩２號銀一同挑戰盤據帝都的黑暗！２人所收到的第２個指令是，調查在自己學校教書的英國人教師是否是間諜。這次的目標史密斯老師是個勸阻英當軍人的好老師。這麼好的人怎麼可能會將日本的機密賣給英國呢！雖然內心抱著疑......