某一天，地球突然滅亡了。正當人們絕望之際，一個自稱為「Ｙ」的鐘錶技師出現，並以齒輪重現了地球所有機能。這顆由無數齒輪構成的星球，就被稱為「時鐘機關之星」。一千年後，一個從空中墜落的貨櫃，砸中了生活在日本京都區的少年．見浦直人的家。直人修復了貨櫃中名為琉紫的自動人偶，並成為了她的主人。另一方面，天才鐘錶技師瑪莉面臨兩千萬人即將因為一場陰謀而犧牲，但她卻無力拯救的困境。此時，直人與琉紫出現在她的眼前…