某天，東京鐵塔上突然開了一朵巨花，同時各地開始出現詭異的植物，不但生長迅速還會結出「混沌果實」，果實在短時間內爆炸並且成為一道通往異世界的門扉，各式各樣被稱為種者（SEED）的異世界居民因此被強迫拉來東京。御花護的耀石使者樹接到東京自警團的通知，前往澀谷處理混沌果實，但是這次從果實中出現的卻是擁有七星圍巾的女孩子？