主角鹿目圓與好友美樹沙耶香、學姐巴麻美以及來佐倉杏子等人，每晚都跟「夢魘」作戰。某一天，曉美焰轉學進入見瀧原國中，加入小圓等人，變成五名魔法少女，加上蓓蓓以及丘比，合稱「魔法少女 神聖五重奏（Puella Magi Holy Quintet）」。後來焰心中出現「我們的戰鬥是這樣的嗎？」的違和感。焰找杏子商量並進行調查。結果發現無法前往風見野，沒有出口的見瀧原其實是「魔女的結界」…