西元2000年發生了一場被稱為第二次衝擊的前所未有的大浩劫,南極落下一顆大質量的隕石,造成海平面上升、天災四起、經濟崩壞、民族紛爭、內戰……地球上的人口由五十餘億銳減為二十餘億﹔西元2015年在全球復興之際,人類漸漸從毀滅中站起來但新的危機又來了!來路不明的「使徒」,一種巨大的戰鬥兵器群大舉來襲,為了對抗他們,人類開發了「汎用人形決戰兵器EVANGELION」。西元2015年,初號機開發完成,在此也選出3位少男少女做為「EVANGELION」的駕駛員,人類未來的希望就落在這三個人的身上,故事也就從此刻開始……