著有《章太炎的思想》(臺北:時報出版公司,1985)、《古史辨運動的興起》(臺北:允晨文化出版公司,1987)、Fu Ssu-nien: A Life in Chinese History and Politics (Cambridge: Cambridge University Press, 2000)、《中國近代思想與學術的系譜》(臺北:聯經出版公司,2003)、《晚明清初思想十論》(上海:復旦大學出版社,2004)、《近代中國的史家與史學》(香港:三聯書店香港有限公司,2008);主編《中國近代思想的轉型時代:張灝院士七秩祝壽論文集》(臺北:聯經出版公司,2007)等書。