本圖鑑依循Clements世界鳥類名錄Version 6.5(2010)分類系統,中華鳥會自2010年起審定之台灣鳥類名錄亦採用該分類系統。關於鳥類分類系統,Clements Version 6.5與往年台灣慣用之Howard and Moore 世界鳥類名錄第三版(Dickinson 2003)有一些分科上的差異,例如以往的鶯科,在Clements Version 6.5分解為:樹鶯科、柳鶯科、葦鶯科、大尾鶯科、鶯科等;又如冠羽畫眉、綠畫眉列入繡眼科等等。另外,Clements Version 6.5認定台灣有22種特有種,將台灣畫眉、五色鳥、台灣白喉噪眉、大彎嘴、小彎嘴、台灣鷦眉、灰頭花翼等提升為台灣特有種,最新發表的Clements Version 6.6,又將棕噪眉提升為特有種,加上李壽先老師發表的文章,將酒紅朱雀改列為特有種,因此台灣特有種達24種,特有亞種則有59種。