98年度基金的工作重點，在於結合民間力量共同推動兩岸交流，其中包括兩岸學術、教育、藝文、科技、體育、宗教、少數民族、新聞、出版及廣電專業人士互訪及研討活動、持續辦理兩岸青年交流、加強兩岸資訊及傳媒人士交流，以及凝聚共識推動交流宣導計畫等各項工作。除了達到在專業上截長補短、互相精進的目標外，藉由交流過程的互動，更有助於促進兩岸人民彼此的認識與瞭解，避免不必要的誤解與對立。