「叢林」者，通常指禪宗寺院而言，故亦稱「禪林」，但後世教、律等各宗寺院也有仿照禪林制度而稱叢林的。中國禪宗從曹溪惠能大師後，四傳至於懷海禪師。江西奉新百丈山懷海禪師，以禪眾聚處，尊卑不分，於說法住持，未合規制，於是折衷大小乘經律，創意別立禪居，此即叢林之始。叢林的意義，舊說是取喻草木之不亂生亂長，表示其中有規矩法度。
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關於叢林制度，詳見於《百丈清規》和它的注書《百丈清規證義記》。
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叢林制度，最初只有方丈、法堂、僧堂和寮舍。以住持為一眾之主，非高其位則其道不嚴，故尊為長老，居於方丈。不立佛殿，唯建法堂（後世乃立佛殿）。所集禪眾無論多少，盡入僧堂，依受戒先後臘次安排。行「普請法」（集體勞動），無論上下，均令參加生產勞動以自給。又置十務（十職），謂之寮舍；每舍任用首領一人，管理多人事務，令各司其局。後世叢林組織日漸龐大，各寺家風不同，為住持者多因時制宜、自立職事，名目層出不窮。