本專案審計報告揭露政府管理及輔導未登記工廠政策執行情形，核有部分市縣政府對轄區內未登記工廠掌握度待強化、既有低污染未登記工廠納管審查待加強，及收取之納管輔導金或營運管理金未專款專用等情事，經審計部促請經濟部及經濟部產業發展署研謀改善。經濟部產業發展署已定期召開未登記工廠管理輔導會議管控查處、納管、計畫審查情形，訂定「納管工廠納管輔導金及特定工廠營運管理金運用指引」，積極強化未登記工廠管理輔導工作，提升管理輔導成效，以期逐步達到環境保護、經濟發展及勞工就業等三贏目標。