本專案審計報告揭露審計部查核政府因應嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興相關措施執行情形，針對防疫整備應變、紓困振興措施推動等方面，提出建議意見，涵括預防接種允宜籌措適足財源，並輔導國內疫苗廠商強化研發產製能量；改善醫院感染管制人力配置；整合傳染病防治醫療網與緊急醫療網資源與機制；強化緊急使用授權（EUA）法規之具體要件及配套措施；研訂疫苗緊急採購相關規範；加強防疫個資管理及外部稽核作業；完善紓困補貼措施相關政策及作業規劃；落實紓困振興融資風險控管等多項未來策進方向，經審計部建請行政院及相關權責機關研謀改善。行政院及相關權責機關已提出相關改善措施，並將妥為擘劃疫苗產業發展、研訂感染管制人力配置標準、強化醫療網收治調度機制、補強緊急使用授權（EUA）法規要件與申請者義務、檢討完備疫苗採購相關規範、加強辦理防疫個資資通安全稽核作業、改善紓困振興補貼審核與管理機制等，以完備各項防治及紓困振興處理機制，作為日後新興傳染病之因應對策。