《南華真經正義》為陳氏見世著作中，唯一有系統性的注解《莊子》之著作，其作與同時期的莊子注疏家比較，陳氏之作以詮解《莊子》義理為主，與清代漢學風氣之影響，學者多以訓詁方法解《莊》，及晚清集大成之風氣，學者多搜羅眾家注解匯為一編，而少有自身之意見不同，陳氏在此學術氛圍之下，以詮解《莊子》之義理為進路，是相當獨特的。
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而《南華真經正義》之注解特色乃援引多家思想來詮解《莊子》，約有四家思想風貌呈現於其注解之中，分別為老子思想、道教思想、佛教思想、儒家思想，而後又歸宗於老子思想，陳氏援引多家思想來作注解，也顯示出晚清時期集大成風氣之特色。