金代以內丹修煉法門為主的道派，有：時雍創立的真元道派、王重陽全真教。到了元代，新成立的教派有：李道純內丹中派、黃元吉淨明道、黃舜申清微派。此外，全真教稱為金丹北宗，和流行於南宋的金丹南宗，並立為稱。但到了元代，全真教大行，金丹南宗大都被併入北宗全真教中，勢衰力竭。元代，南宗門徒，有的自己重新皈依全真，成為全真教南宗；但也有一些人仍堅持南宗傳人的身份，此為元代的內丹南宗。
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綜觀金元二代，有上述多種不同派門修煉法。如真元道派、淨明道，以儒家忠孝雜修內丹；清微派，以內丹雜雷法；全真修性多雜禪學。再者，元代扶鸞所撰道經，以及元人為早期的道經作注，也往往涵藏內丹修煉說，顯現出元代內丹學百花齊放的特色。