金代以內丹修煉法門為主的道派,有:時雍創立的真元道派、王重陽全真教。到了元代,新成立的教派有:李道純內丹中派、黃元吉淨明道、黃舜申清微派。此外,全真教稱為金丹北宗,和流行於南宋的金丹南宗,並立為稱。但到了元代,全真教大行,金丹南宗大都被併入北宗全真教中,勢衰力竭。元代,南宗門徒,有的自己重新皈依全真,成為全真教南宗;但也有一些人仍堅持南宗傳人的身份,此為元代的內丹南宗。
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綜觀金元二代,有上述多種不同派門修煉法。如真元道派、淨明道,以儒家忠孝雜修內丹;清微派,以內丹雜雷法;全真修性多雜禪學。再者,元代扶鸞所撰道經,以及元人為早期的道經作注,也往往涵藏內丹修煉說,顯現出元代內丹學百花齊放的特色。