相傳四千六百多年前，當時我們的祖先黃帝和蚩尤在涿鹿展開一場前所未有的大戰，蚩尤身高七尺，鐵頭銅身、刀槍不入，呼風喚雨，無所不能，在戰場上製造迷霧，使得黃帝的部隊迷失方向。有一天晚上，三更半夜大家都在睡覺的時候，忽然，軒轅丘上傳來驚天動地的聲音以及非常強烈的光芒，驚醒了黃帝及眾人。大家匆匆忙忙的起床，跑過去一看，原來是有【彩雲自天空中緩緩下降】，從彩雲之中走出一位全身大放光明的仙女，仙女手上捧這一個【長九寸、寬八寸的玉匣】，黃帝接過來打開一看，裏面有一本【天篆文冊龍甲神章】，黃帝根據書裏面的記載命大臣風后，製造指南車，終於打敗了蚩尤。【龍甲神章】除了記載兵器的打造方法之外，還記載了很多行軍打仗調兵遣將的兵法。黃帝要他的宰相【風后】把龍甲神章演譯成【兵法十三章】、【孤虛法十二章】、【奇門遁甲一千零八十局】。根據前言的敘述，彩雲下降的時候會有轟聲雷動，神光繚繞，天鼓大震。所以我們相信彩雲是來自外太空或地球前古文明的飛行器，降臨地球，把這神奇的學問傳授給軒轅黃帝，然後經過先賢的演化成【奇門遁甲】流傳至今。到了商朝末年，姜子牙於崑崙山上學得此術，下山後看到商朝天子紂王無道，塗炭生靈，殘害百姓，人民生活在水深火熱之中，而周室興隆之氣漸現，於是就用所學去輔佐周室武王。他運用【星門變換、踏罡步斗和神遁法門】，從而達到了推翻商朝建立周朝的目的。姜子牙在奇門遁甲的運用中，覺得一千零八十局太繁鎖，於是又把它跟一年中的「七十二侯」聯結起來，改一千零八十局為七十二局，這就是奇門遁甲歷史上的第二次改革。到了秦朝末年，漢留侯「張良」得到【太公兵法】，這本書其實就是【奇門遁甲】。後來張良憑著自己的刻苦精神和聰明才智，很快就把奇門遁甲的原理悟通了。他感到奇門遁甲局數雖多，卻跳不出【洛書九宮之數】，因此，也對奇門遁甲進行了一次刪改。他把姜子牙的七十二局減到了十八局，在十八局中再分「陰九局和陽九局」，使奇門遁甲的佈局更為精準，這就是奇門遁甲歷史上的第三次改革。三國時，曹操率百萬大軍攻打東吳，雙方戰艦分列於長江兩岸。赤壁之戰前夕，東吳大將軍周瑜已經做好準備，要發動火攻一舉燒毀曹軍的戰船，打敗曹操。但周瑜忙中出錯，竟然沒有想到風向對火攻的要求很高，而隆冬時節長江中游一帶多刮西北風，沒有東南風。如果就朝西北風放火，曹軍處於上風頭，剛好燒了自己，根本燒不到曹軍。周瑜想不出辦法，一下子病倒了。諸葛亮前來探病，他知道周瑜的病因，便給周瑜開了一個藥方：「欲破曹軍，須用火攻」，然而萬事俱備，只欠東風。周瑜讓諸葛亮想辦法借來東風，諸葛亮當即答應：可以借。於是周瑜讓人建起一座「七星壇」，諸葛亮裝模作樣地上壇作法，要借東風。到了作戰那天，果然東南風大起，周瑜乘機發動進攻，順利戰勝了曹操的百萬雄兵。其實，諸葛亮是運用「奇門遁甲的天氣預測術」，預先知道這一天有東南風，根本就不是借來的。諸葛亮一生善用奇門遁甲到死之時還想用奇門遁甲借壽，不料被「魏延」撞翻了七星燈，而未竟其願。
