綜觀海洋環境面臨之挑戰，海洋保育署以「潔淨海洋」、「健康棲地」與「永續資源」為三大願景，期以生態系管理的角度，以「海洋環境保護與污染防治」、「海洋生物保育」、「棲地復育」、「國際合作」及「保育教育推廣」作為主軸，接軌國際、加強公私合作以及廣納利害相關者參與，以豐裕我們的海洋。