「一年戰爭」中，THUNDERBOLT宙域的激戰後一年。駕駛亞特拉斯鋼彈的地球聯邦軍伊歐•弗雷明，與背叛吉翁公國、投靠邪教團南洋同盟並再次駕駛幹應薩克的達利爾•羅倫茲……這場在地球的塔阿爾火山基地爆發的宿命對決，以南洋同盟的大勝告終。斯巴達墜毀，32架感應薩克被發射上宇宙。與主力部隊失散的達利爾，與因為殺死克洛迪雅而成為廢人的伊歐……下一場戰爭正在等著這兩個英雄──