21世紀初，人類受到地球暖化等影響，失去了大部分地表上的版圖。此時世界各地突然出現了搭載被稱為「海霧艦艇」的神秘超兵器的戰艦群，因為人類無法對抗那些艦隊而敗戰，從此被趕出所有的海域…從那次海戰之後過了17年，不知何故，搭乘海霧潛水艇「伊401」的千早群像及他的夥伴與伊401的人體化〝心智模型〞的伊歐娜不斷的海霧艦艇挑戰…